Emmanuel Duperrey studierte bei Marie-Louise Langlais am Conservatoire National Supérieur (Paris) und erhielt 1994 dort die Goldmedaille. Im selben Jahr erhielt er das ‚Diplôme de Virtuosité‘ an der Schola Cantorum (Paris) in der Klasse von Marie-Louise Langlais sowie das ‚Diplôme de Virtuosité‘ beim Wettbewerb ‚Marcel Dupré‘ (Chartres). Gleichzeitig studierte er bei Michèle Lerclerc am Conservatoire in Valenciennes und erhielt 1995 das ‚Diplôme de Perfectionnement‘.
Er gewann den ersten Preis bei der ‚UFAM‘ und studierte Harmonielehre und Improvisation bei Françoise Levechin an der Schola Cantorum (Paris). Weitere Studien erfolgten bei Eric Lebrun am Conservatoire National de Région in Saint-Maur. Emmanuel Duperrey wirkt als Organist in der Kirche Notre-Dame de l’Espérence in Villemonble und gibt zahlreiche Konzerte im In- und Ausland. Er ist ebenfalls Autor von Transkriptionen von Paul Dukas ‚L’Apprentri Sorcier‘, von John Williams Filmmusiken sowie der Aufarbeitung der von dem holländischen Organisten Klaas Jan Mulder improvisierten‚Toccata über den Psalm 65‘.