Das WSA Magdeburg gliedert sich in vier Sachbereiche, in die Außenbezirke Niegripp, Tangermünde, Wittenberge, Bernburg und Merseburg sowie den Bauhof Hohenwarthe.
Überregional tätig sind beim WSA Magdeburg die Revierzentrale und die Notfallmeldestelle Niegripp. Zugeordnet ist dem WSA Magdeburg auch die Zentrale Lohnrechenstelle für den Bereich der WSD Ost.
Das WSA Magdeburg betreut die Wasserstraßen Elbe von der Saalemündung bis nach Dömitz, die Saale von Kreypau bis zur Elbe und die umfangreichen Anlagen des Wasserstraßenkreuzes Magdeburg.
Unsere gesetzlichen Aufgaben sind der Betrieb und die Unterhaltung der Bundeswasserstraßen und ihrer Anlagen sowie die Gewährleistung der Sicherheit und Leichtigkeit der Schifffahrt.